谢谢你考研英语！

这难道不是出自2011的阅读真题吗？如果从整体上看文章，这句话似乎没什么难懂的。他在句子后的描述指的是吉尔伯特，他是纽约爱乐乐团的新任总监。亚历克斯·罗斯(Alex Ross)评价吉尔伯特(他)让纽约爱乐显著不同、更有活力的能力，却引出疑问句，表明作者的猜测，“但这种显著不同的本质是什么？”也就是作者想说“什么样的差异让纽约爱乐更有活力和影响力？”至于具体的猜测，作者后来说，“仅仅多加几首曲目是不够的。我们应该想办法改变最古老的美国乐团(本文提到的那支)和它想要吸引的观众之间的关系。”自然是“本质”的意思，是很常见的用法。所以不存在第三个问题。这句话没有什么特别的语法现象，看完全文应该就能理解了。如果只是看《长句通》之类的书，会有断章取义的感觉。

注意不要理解为“本质区别是什么”，而是理解为“造成这种区别(或变化)的本质是什么”，然后在文末给出作者自己的理解。如果你明白有什么本质的区别，那么你显然把这句话理解成了否定的意思，所以文章后面的内容是看不懂的。具体可以仔细看看2011的真实阅读部分。