考日语本科然后考研有关系吗?

没有效果。考研主要看你专业要求的外语是英语还是日语。

如果你想考的专业要求英语,那么你需要继续学习英语(但是你高考选了日语,所以英语应该没考好吧?(纯推测,如有冒犯请见谅))

如果想考专业,可以考日语203,对自己有好处。日语203比英语一和英语二简单多了。考研日语难度在N2和N1之间,高考日语水平在N3左右。你现在才大一,还在学校继续学日语。你学N1并不难,只要你愿意花心思和时间去努力学习。

但是考研日语的缺点是调剂可能会受到一定影响。

所以建议不要把英语落下。