丢了团员档案还能上学吗？

是啊！就算不如一个联盟，也可以去学校考研。关于这一点，国家已经充分考虑了有没有党组组织，不会影响你上学考研、参军、提拔干部等。因为我们是一个多党国家，民主党派也可以参与国家事务。现在不入党也可以入团，民主党派也一样。就你的情况来说，没有问题。